保税物流园区享受保税区相关政策，在进出口税收方面，比照实行出口加工区的相关政策，即国内货物进入园区视同出口，办理报关手续，实行退税。园区货物内销按货物进口的有关规定办理报关手续，货物按实际状态征税。区内货物流通自由，不征增值税和消费税。

保税物流园区积极探索与现代物流发展相融合、与国际惯例相衔接的海关监管新思路，按照“严密监管和高效运作”的监管原则，充分运用信息技术和现代科技手段，实现区域化监管、网络化管理、电子化通关、科学化监控，实行通关数据“一次录入、多次使用、信息共享”，做到“一次申报、一次查验、一次放行”，构建了通关便捷、服务完善、管理规范、监管有效的海关监管平台，营造了大口岸、大通关、大辐射的现代物流发展环境。